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因为云贵地区是偏远地区，比较荒凉，经济比较脆弱，比较贫穷。相对而言，云贵总督在清朝九大封疆大吏中，地位比较低下。
云贵总督，正式官衔为总督云南，贵州两地提督军务、粮饷兼巡抚事，是清朝九位最高级的封疆大臣之一，总管云南、贵州两省的军民政务。
顺治十六年，设立经略，然后改设总督。 康熙元年，分别设立云南总督，总督府驻曲靖；贵州总督，总督府驻安顺。 康熙三年，取消云南总督，由贵州总督兼任，总督府迁贵阳。 康熙十二年，又恢复云南总督，总督府仍驻曲靖。 康熙二十六年，云南总督府迁云南府。 雍正十年，云贵总督兼辖广西。 雍正十二年，云贵总督恢复掌管两省。 光绪三十一年，云贵总督兼任云南巡抚。