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1.电子科学与技术专业，宽口径培养电类人才为主要特色，实行学生在低年级时先不分专业，高年级后，可根据自己的兴趣、爱好及对各个学科的了解选择校内电类的任何专业，因材施教。
2.生物医学工程，是东南大学依托传统优势学科去发展交叉学科与边缘学科的一次成功的创新，南大学生物医学工程学科已经处于国内同学科的领先地位。
3.土木工程，设有为教学、科研服务的大型结构试验室、预应力实验室、力学实验室、水力学实验室、结构力学实验室、环境工程实验室、计算机及CAD中心室和力学实验中心。拥有国内历史悠久、专业藏书丰富的土木工程图书馆和资料室。
4.信息工程，是东南大学的骄傲，2006年1月，东南大学研制出中国第一块符合3G移动通信技术规范的芯片，宣告着我国跻身于世界移动通信强国的行列。
5.建筑学，东南大学的传统强势学科，全国建筑方面的国家级重点学科东南大学就占三分之一，在国内一直处于领先地位。
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