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学校组织机构设置的原则如下：
1.进行学校组织机构设置时，必须合乎教育教学的基本规律和运行程序，要符合教师工作规律，要符合学生学习的规律，也要符合学校管理的基本理论。还要借鉴管理理论中关于组织机构、组织设计的理论。这些理论都是学校事务运行的理论出发点；
2.进行学校组织机构设置时，必须依法行事，首先要合乎国家、地方的相关法律、法令和法规，比如中华人民共和国教育法 ，中华人民共和国民办教育促进法等，以及一些关于学校教育的各项规定等；
3.学校组织机构设置要精简高效，讲求效率和效益；
4.学校组织机构的每个职能部门首先都有自己必须履行的职责，而要保证这些职责得以很好地实现，必须赋予职能部门及其负责人相应的权力；
5.分工与统一相协调，学校组织机构的每个职能部门都有自己的特定工作职责和工作方式，同时，又都是处在学校组织机构的整个体系当中。